Sonic, Sonia, y Manic son los hijos de la Reina Aleena. La Reina Aleena fue una vez la soberana justa del planeta Mobius, pero el Dr. Robotnik y sus fuerzas robóticas la derrocaron con un golpe de Estado y la obligaron a exiliarse. Luego de huir, se escondió y se separó de sus hijos para que estuvieran a salvo de Robotnik. Sonic, Manic y Sonia fueron criados por distintas familias. El Dr. Robotnik gobernó Mobius deslealmente y modificando las leyes para reprimir a todos los que se le oponían, robotizando a quienes se levantaban en su contra, y obligando a todos a pagar grandes sumas de dinero para construir más robots.

Sonic, Manic y Sonia crecieron, un día se encontraron y el Oráculo de Delphius les reveló una profecía: un día se reunirían con su madre para formar el Consejo de los Cuatro, y derrocarían a Robotnik, retomando su lugar como legítimos gobernantes de Mobius. Por lo tanto, Sonic, Manic y Sonia emprenden un largo viaje, buscando en todo Mobius a Aleena, la Reina. El Dr. Robotnik, con la asistencia de unos cazarrecompensas, está decidido a capturar a la familia real y evitar que la profecía se haga realidad.

Antes de separarlos, Aleena les dio a los 3 erizos, tres medallones mágicos que se convierten en instrumentos musicales y en armas. Sonic tiene un medallón que se convierte en una guitarra eléctrica y en un revólver laser. Sonia tiene un medallón que se convierte en un órgano musical y en un revólver laser que, además, puede producir mucho humo, para que los enemigos no la vean. Manic tiene un medallón que se convierte en una batería y en un cañón laser que, además, puede provocar sismos. El uso de los tres amuletos no sólo es para luchar contra las fuerzas de Robotnik, sino que también sirven para su banda musical, llamada Sonic Underground.