Robotnik ha completado y activado su más terrible invento, el proyecto juicio final; una gigantesca torre mecánica ubicada en el gran desconocido, capaz de lanzar cientas de naves destructoras por minuto a través de túneles subterráneos que se extienden por debajo de todo Mobius. Utilizando la lista de su padre, Sally ha logrado reclutar a los guerrilleros de la libertad del sur y del este, y al clan de los lobos para que ayuden en la batalla final contra el villano. Es hora de que sonic y sus amigos lo arriesguen todo en el último enfrentamiento contra Robotnik.