Sonic y los guerrilleros logran evitar, por cuarta vez en el mes, que las naves de transporte de combustible de Robotnik abandonen Robotropolis y lleguen al casi terminado proyecto juicio final. Robotnik, frustrado, comienza a pensar que debe haber un espía entre sus tropas, ya que no hay otra explicación para que los guerrilleros estén siempre un paso adelante de él. Por ende, el doctor pone en alerta a todos sus robots para que busquen a dicho espía por toda la ciudad. Un tiempo después, durante una de las misiones de Sonic y sus amigos, Antoine es capturado por los roboguardias y llevado ante Snively, quien cree que el coyote es el espía y decide torturarlo para descubrir la ubicación de la guarida; al enterarse de esto, Sonic se pone en marcha para salvar a Antoine. Mientras tanto, otro grupo de roboguardias logra encontrar el escondite del tío Chuck, lo capturan y lo llevan ante Robotnik, quien intentará utilizar una extraña máquina para extraer toda la información de la mente del erizo y descubrir la ubicación del escondite de los guerrilleros. Sonic cuenta con poco tiempo para salvar a Antoine y a su tío.