Sonic, Sally, Dulcy y Antoine utilizan la lista de grupos de guerrilleros de la libertad a través de Mobius del padre de Sally para localizar la ubicación de un grupo de guerrilleros llamado el "Clan de los lobos", que viven en las cavernas de unos cañones muy distantes al gran bosque, con la intención de lograr convertirse en aliados en la lucha contra Robotnik. Dulcy es demasiado grande para entrar en las cavernas y debe regresar al escondite, dejando a Sonic, Sally y Antoine por su cuenta. Los tres personajes logran encontrar al clan de los lobos y conocen a su líder, Lupe la loba. Desgraciadamente, el clan se encuentra bajo un ataque de Snively, quien cuenta con una enorme, aparentemente invencible, nave de batalla que está arrasando los cañones. Sonic y sus amigos deberán encontrar una forma de destruir la nave y expulsar a Snively del hogar de los lobos. Mientras tanto, Robotnik empieza a construir su temible proyecto juicio final.