Sonic, Sally, el tío Chuck y el rey de Mobius son emboscados en la sala de trono del castillo de Mobotropolis por Robotnik y sus roboguardias, y la ciudad está siendo conquistada por los robots. El erizo y la princesa logran huir de la sala de trono pero todos los demás son capturados. Robotnik y los roboguardias llevan al rey al laboratorio del castillo y lo arrojan a través de un portal al vacío. Sonic y Sally escapan del castillo pero son capturados en la ciudad y son encerrados en los calabozos de dicha construcción. Robotnik pone en acción una enorme nave de batalla llamada "Destructor" que transforma la hermosa ciudad de Mobotropolis en la siniestra, oscura y contaminada ciudad de Robotropolis. El erizo y la princesa escapan de los calabozos y logran encontrar una de las computadoras de Robotnik. Sally descubre que el doctor está listo para probar su robotizador (cuyos planos le robó al tío de Sonic, quien lo había diseñado para ayudar a los ancianos a vivir más tiempo) con sus prisioneros, entre los cuales se encuentran sus versiones de cinco años, y que el próximo objetivo del destructor es el gran bosque. Si sus versiones infantiles son robotizadas, Sonic y Sally dejarán de existir; y si el destructor destruye el gran bosque, la guarida jamás será construida y no existirán los guerrilleros de la libertad. De alguna forma, tienen que evitar que ambos sucesos ocurran.