Sonic, Sally, bonnie y otros dos guerrilleros viajan a Robotropolis para intentar sabotear una de las plantas de energía de Robotnik. Sin embargo las cosas salen muy mal y los dos guerrilleros mencionados anteriormente son capturados y robotizados. De regreso en la guarida, Sonic y Sally, muy tristes por la pérdida de sus amigos, llegan a la conclusión de que si alguien hubiera detenido a Robotnik el día en que conquistó Mobotropolis, nada de esto estaría pasando (ellos no habrían podido detener al doctor, ya que en ese momento solo tenían cinco años). Dulcy entonces sugiere que viajen a la isla flotante y utilicen las piedras del tiempo que, según las leyendas, se encuentran allí para volver diez años en el pasado y detener a Robotnik el día de la conquista. Sally le dice a Dulcy que la isla flotante es solo un mito y ella responde que sabe que dicha isla no es un porque la dragona nació allí y sabe cómo llegar. Dulcy lleva a Sonic y Sally a la isla flotante, donde encuentran un templo en el cual solo estos dos últimos personajes pueden entrar, pues la dragona es demasiado grande. El erizo y la princesa encuentran al guardián de las piedras del tiempo y luego de resolver un difícil acertijo, este les da las dos piedras mágicas. Sonic y Sally retroceden diez años en el tiempo y llegan a Mobotropolis durante la mañana del día de su conquista (la toma de la ciudad ocurriría esa misma noche). Ambos personajes deberán encontrar una forma de evitar que Robotnik (entonces conocido como Julian Kintobor, líder de las tropas de guerra del rey) tome el control; y para ello deberán advertirle de los futuros sucesos al rey de Mobius, el padre de Sally.