Sally y Rotor logran crear un prototipo de desrobotizador, que utilizan para regresar las mecanizadas extremidades de Bonnie a la normalidad. Emocionado por el suceso, Sonic viaja a Robotropolis y le devuelve la memoria temporalmente al tío Chuck, con un anillo mágico. Ambos vuelven al escondite de los guerrilleros, donde luego de algunos intentos fallidos, Sally logra desrobotizar por completo al tío de sonic. Al día siguiente, las extremidades de Bonnie vuelven a convertirse máquinas y el tío Chuck vuelve a convertirse en un robot. El erizo robot captura a Antoine y a Tails y se los lleva a Robotropolis, pero no sin antes destruir el defectuoso desrobotizador de Sally y Rotor. Sonic viaja a la oscura ciudad para intentar salvar a sus amigos antes de que el tío Chuck se los lleve a Robotnik. Mientras tanto, en Robotropolis, el maligno científico está trabajando en una inmensa nave de combate, capaz de volar a la velocidad de Sonic, con la que pretende destruir al erizo azul.