Sonic sufre un extraño y repetitivo sueño en el cual Sally resulta Robotizada a manos del Doctor Robotnik en persona, sin que el erizo pueda hacer nada, quedando en evidencia su inteligencia. Al día siguiente, Nicole intercepta una transmisión de Robotnik en la que se oye al Doctor preparando una fumigación Tóxica sobre las nubes de la Isla de Nimbus, una misteriosa isla industrializada, abandonada y deshabitada. Para evitarlo, Rotor proporciona a Antoine, Bonnie y Sally trajes de Roboguardia. Su plan es infiltrarse y detener el Gran Dirigible Fumigador del Doctor conocido como "QuemaNubes" antes de que llegue a su destino. Sin embargo, mientras Sally intentaba acceder a los códigos del Zeppeling, todos son descubiertos y apresados por Robopatrullas. Sonic llega a Nimbus por su cuenta sin saber que deberá rescatar él sólo a sus compañeros capturados y parar la Fumigación de Robotnik a la vez que lucha contra su terrible pesadilla, poniendo a prueba su intelecto antes que su velocidad.