El Doctor Robotnik lanza una gran Nave Espía de su invención a la órbita de Mobius, con una numerosa tripulación de Robots en su interior. Su objetivo consiste en localizar y destruir la Guarida Secreta desde el Espacio, donde Sonic y los Guerrilleros no puedan molestar. En su despegue, de la Nave se desprende uno de los cohetes de propulsión, aterrizando precipitadamente cerca del hogar de los Guerrilleros. Rotor y Sonic inician entonces una arriesgada misión para atacar la Nave Espía, usando el Cohete que se precipitó al suelo para llegar hasta ella. Una vez allí, deberán enfrentarse a los Robots enemigos que la protegen y lograr destruir la Nave, tratando de llegar sanos y salvos a Mobius.