Buscando un chip dañado para el Microprocesador de Nicole, Sonic y Sally acuden de nuevo a la Ciudad del Doctor Robotnik. Sally, por casualidad, descubre un área perdida y aparentemente inexplorada de Robotrópolis conocida como "La Zona Prohibida", en la cual se adentra mientras es perseguida por un Robo-espía. De repente, aparece un misterioso ser que le libra de sus perseguidores, para después marcharse. Robotnik descubre que se trata de un tipo conocido como "El Guardián", el cual vigila el lugar donde el gran y malvado Mago Lazzar descansa bajo un profundo sueño. Lazzar posee un poderoso ordenador capaz de realizar cualquier tipo de hechizo mágico. Al saberlo, tanto Sonic como Robotnik se lanzan en una carrera por conseguir el preciado objeto antes que el otro, sorteando las numerosas trampas que hay en el lugar.