Tras haber construido un gran avión con trozos de chatarra bautizado como "Tormenta de Libertad", los Guerrilleros de la Libertad se embarcan en una misión que les conducirá a la ciudad perdida de Maga: Un recóndito paraje oculto entre escarpadas montañas que guarda unos Manuscritos Secretos que poseen grandes poderes y sabiduría. Para llegar al templo donde se encuentran, deberán superar una serie de pruebas y retos, al tiempo que evitan los fenómenos sobrenaturales de la ciudad. Sin embargo, su sorpresa será mayúscula cuando Robotnik en persona, junto con Snively y un comando de Roboguardias, aparezcan de repente en la ciudad reclamando los Manuscritos Secretos para sí.